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我也是很早就发现，第二天有事儿，睡觉前想自己要早点起，果然会早点起。这是心理学和神经科学研究的问题，目测不会有特别准确的回答，只能是推论。
我没有办法从科学的角度去解释这个问题，我只能从我自己生活当中的经历来讲讲我对这个问题的理解。
我的答案是：这个问题引起你的重视了！你会时时刻刻记在心里，即使在你睡着了！
时间是2015年1月1日。答应妈妈元旦要回家，和姐姐说好了一起回去。前一天晚上深夜一点睡的，不是贪玩，是因为收拾行李。很多很多的行李让人忙了很久，以至于恨不得一把火烧了（这也是我一直以来痛恨行李的原因）。早上五点不到就起床了，不是赶车，而是要走到姐姐家。多远？将近十五公里。为什么要走到姐姐家？因为我当时已经没有办法从自己身上搜刮出一分钱了，我甚至再此之前还大方的将身上仅有的硬币给忘了带零钱急着送孩子上学的阿姨（后来真不理解自己是不是疯了）。我必须赶回家，我很想回到温暖的家里。
以前我从来没有那么早起过，也没有那么准时过，一直拖拖拉拉！直到后来这些日子，我意识到有些时候我们非要把自己逼到迫不得已了，才会重视到问题的严重性！生活就是这样，我们毁了自己，然后再想办法去补救，然后才开始重视！
我只想说你起不来是因为你不情愿，你起不来是因为你不重视，你起不来是因为你还没有到那个十万火急的状态，你起不来是因为你觉得你还有很多时间。
另外我想说，既然真的不想起来，那就别起了，好好享受一下生活，享受一下睡眠吧！
浅层原理就是潜意识可以完成一个粗糙闹钟的功能。
深层原理现在都在研究中，潜意识这部分就像地球的深海一样，我们了解得太少了。
下面是我的理解：
默念是对自己的心理暗示，实际上”心理暗示“就是通过意识来给潜意识植入一段内容，这个内容可以是一个概念、一种情绪、一种反应甚至是一段虚假的回忆。总之潜意识对于我们来说是一个无限容量的暗箱，我们放入不同的东西，它就会吐出另一个东西，至于里面进行了什么操作不知道，但目前可以从暗箱的输入和输出来总结大致的规律。
具体到题主的例子，在默念几点起床后，显意识往潜意识里植入了一个Timer，这个Timer在意识已经休眠后仍持续工作，直到Timer结束了，潜意识会唤醒意识，这时人就会自然醒来。意识在进入非快速眼动睡眠期1（NREM1）的时候就开始休眠了，而潜意识在一定程度上一直工作着。
至于Timer是用的哪里的，这个就有分歧了。目前研究发现，人对时间的感知分三类：
1. 生理节律（circadian rhythm）
一个循环是大约24.5小时。这是细胞级别的时钟，每个器官的细胞都有这么一个24小时的分时钟。即使在全黑环境下，人体也会按此循环运行，即醒后12小时会困，12小时后又会自然醒。这种时钟在大脑里还有一个总时钟，用来同步其他各器官的分时钟。它存在于视交叉上核（suprachiasmatic nucleus, or SCN），是下丘脑（hypothalamus）的一部分。
视交叉上核的总时钟每天收到外来刺激而得到校准，从而与各个器官的分时钟同步。如果人生活在小黑屋若干天后，TA的生理时钟就会与真实时间产生偏差，可能是每天0.5小时这样。所以，正常人每天睁眼醒来的时候，生理节律已经被校准过一次了。
校准的途径有几种：
2. 毫秒级时钟 （millisecond timing）
判断一秒钟内的时间长短。
3. 间隔时钟（interval timing）
用来比较、判断两段时间流逝哪个长，比如洗澡后，预估自己用了10分钟、15分钟或者30分钟。
在较早的研究中，皮质纹状体结构（Cortico-striatal structure）被认为是起作用的区域。在集中注意流逝的时间时，纹状体（striatum ）被激活。帕金森患者（纹状体输入被扰乱）就很难说出流逝的时间。
在留意时间时，大脑不仅要衡量时间，还要储存时间过去了多少。大脑中海马体（hippocampus）对记忆过去的经历起到重要作用，而且很可能也在记忆流逝时间过程中起作用。海马体损伤的人只可以记忆很短的时间流逝，对长的时间流逝记忆下降。研究显示，海马体有助于分辨相近的较长时间段的流逝，比如判断自己洗澡是洗了10分钟，而不是15分钟，这块是海马体的功劳。
"Kinematics of the Brain Activities: Plasticity, Elasticity and Resonating of the Neural Networks (Volume 5)" Page 51
Meet Your Brain Waves
http://psych.fullerton.edu/mwhite/473pdf/473%20Normal%20Sleep.pdf
Issues Berkeley Medical Journal
“Global operations theory of the interval timing clock from cortico-striatal-thalamic loop feedback”
Circadian Rhythms Fact Sheet
The Human Suprachiasmatic Nucleus
Reset Your Brain for Better Sleep: How Your Body Clock Affects Sleep
http://www.sciencedaily.com/releases/2015/04/150427152300.htm
Circadian Surprise: How Our Body Clocks Help Shape Our Waistlines : The Salt : NPR
Your Brain Has 2 Clocks
The Human Body is a Well-Calibrated Timing Machine
请参阅我的其他回答：
原来，我一直以为这是我独有的‘特异功能’
其实潜意识真的是很强大的东西（？）... 我几年前曾经和身边所有人吹牛说我是医学生... 结果我今年真的复读成功当上医学生...